Muzeum utworzono i udostępniono zwiedzającym 12 września 1954 r. jako Muzeum Przyrodnicze w Cieplicach Śląskich. Placówka powstała na bazie pozostałości bogatych zbiorów Schaffgotschów, gromadzonych co najmniej od XVI w., a przechowywanych do 1945 r. w klasztorze pocysterskim, Długim Domu i pałacach Schaffgotschów w Cieplicach i Sobieszowie. W latach 1965-1967 przenoszono je sukcesywnie do tzw. Pawilonu Norweskiego w Parku Norweskim. Obecnie nową siedzibą Muzeum Przyrodniczego w Jeleniej Górze jest północna część obiektu poklasztornego nad rzeką Kamienną.
